| 昭和５１年１０月 | 大分医科大学設置 |
| 昭和５６年 ４月 | 医学部附属病院設置 |
| 昭和５６年１０月 | 医学部附属病院診療開始（３２０床） １６診療科、４中央診療施設、２特殊診療施設、薬剤部、看護部 |
| 昭和５７年 ５月 | 脳神経外科設置 |
| 昭和５７年 ５月 | 理学療法部設置 |
| 昭和５７年１０月 | 臨床薬理センター設置 |
| 昭和５７年１０月 | 病床の増床（４４０床） |
| 昭和５７年１１月 | ＣＣＵ部設置 |
| 昭和５８年 ４月 | 病床の増床（６００床） |
| 昭和６０年 ８月 | ＩＣＵ部設置 |
| 平成 元年 ６月 | 救急部設置 |
| 平成 ４年 ４月 | ＩＣＵ部は、集中治療部（訓令施設）となる |
| 平成 ５年 ４月 | 輸血部設置 |
| 平成 ６年１１月 | 特定機能病院指定 |
| 平成 ７年 ４月 | 心臓血管外科設置 |
| 平成 ９年 ４月 | エイズ拠点病院指定 |
| 平成１０年 ４月 | 病理部設置 |
| 平成１０年 ４月 | 内視鏡部設置 |
| 平成１１年 ４月 | 医療情報部設置 |
| 平成１２年 ４月 | 総合診療部設置 |
| 平成１２年 ６月 | ＮＩＣＵ設置 |
| 平成１３年 ４月 | 臨床薬理センター・創薬オフィス（治験管理センター）設置 |
| 平成１３年 ４月 | 感染制御部設置 |
| 平成１３年 ４月 | ＭＥ機器センター設置 |
| 平成１３年 ７月 | 医療安全管理部設置 |
| 平成１４年 ４月 | 理学療法部は、リハビリテーション部（訓令施設）となる |
| 平成１４年 ４月 | 地域医療連携室設置 |
| 平成１５年 ４月 | 地域医療連携センター設置 |
| 平成１５年 ４月 | 卒後臨床研修センター設置 |
| 平成１５年 ６月 | 周産母子センター設置 |
| 平成１５年１０月 | 大学統合により大分大学医学部附属病院となる |
| 平成１６年 ４月 | 国立大学法人大分大学医学部附属病院となる |
| 平成１６年 ８月 | 病院機能評価（Ver.4.0）の認定 |
| 平成１８年１０月 | 医療技術部設置 |
| 平成１９年 ６月 | 院内保育所の開設 |
| 平成１９年 ７月 | 厚生労働省 治験中核病院に決定 |
| 平成１９年 ９月 | 腫瘍内科設置 |
| 平成１９年１０月 | 腫瘍センター設置 |
| 平成２０年 ２月 | 都道府県がん診療連携拠点病院指定 |
| 平成２０年 ５月 | 救命救急センター指定 |
| 平成２１年１２月 | 病院機能評価（Ver.6.0）の認定（更新） |
